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   细菌全基因组从头测序(Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ),是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种,构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定,然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释,从而获得该细菌的全基因组序列图谱。洪祥提供细菌基因组框架图测序,采用小片段建库,Illumina深度测序和初步的基因组组装策略,性价比高,满足细菌基因组研究基本需求。

   
技术流程

 

 分析内容

序号 分析项目 类别 备注
1 数据整理 A  
2 数据质控 A  
3 高质量数据获取 A  
4 基因组序列拼接与分析 A  
5 蛋白编码基因预测 A  
6 非编码RNA预测 A  
7 其他非编码RNA预测 A  
8 CRISPRs 预测 A  
9 蛋白编码基因的序列比对 A  
10 蛋白编码基因的GO注释 A  
11 蛋白编码基因的eggNOG注释 A  
12 蛋白编码基因的KEGG注释 A  
13 蛋白编码基因的Swiss-Prot注释 A  
14 原噬菌体预测 B  
15 基因岛预测 B  
16 致病菌毒力因子(VFDB)分析 B  
17 抗生素抗性(CARD)分析 B  
18 信号肽预测 B  
19 跨膜螺旋预测 B  
20 蛋白编码基因的Pfam 注释 B  
21 蛋白编码基因的CDD 注释 B  
22 蛋白编码基因的InterProscan 注释 B  
23 基因组ANI比较分析 B 参考基因组数据≥1
24 泛基因组分析 B 参考基因组数据≥10
25 基因家族分析 B 参考基因组数据≥1
26 基于 16s rDNA 的系统发育树重构 B 参考基因组数据≥2
27 基于单拷贝基因的系统发育树重构 B 参考基因组数据≥2
28 基于 Mauve 的全基因组序列比对 B 参考基因组数据≥1
29 全基因组关联分析(GWAS) B 参考基因组数据≥60
30 基因组数据上传 B 提供相关数据
  
A:标准分析内容
B:高级分析内容

样本要求

1) 样品类型:  DNA/菌体;

2) 样品需求量:  菌体样本5g,基因组DNA:≥2μg

3) 样品纯度:  OD值260/280应在1.7-2.0

4) 样品浓度:  ≥30ng/µL;

5) 样品包装:  用封口膜密封样品, DNA低温运输(-20°C)

应用领域
 

1.致病基因挖掘

  挖掘与人类健康、畜牧业安全、植物保护、林业农业安全、生物除草相关病原菌的致病基因;

2.解读工业菌基因及机制

  解读与酸奶发酵、能源利用、药物生产相关的工业菌中新菌株或优势菌株的功能基因及高产/环境适应机制;

3.探索进化、药用机制

  探索物种进化机制(全基因组水平或线粒体和叶绿体水平)、古细菌的极端环境适应及进化理论、食用真菌的营养和药用机理。


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